Joachim Brunotte studierte Physik in Heidelberg und München mit Schwerpunkten in den Bereichen Festkörperphysik, Thermodynamik und Meteorologie. Anschließend arbeitete er als Doktorand an der Nutzung erneuerbarer Energien. Seine praktischen und technischen Erfahrungen aus dieser Zeit reichen von der Computer-Programmierung über Hochvakuumtechnik, Dünnschichttechnologie und Messtechnik bis zur Entwicklung eines industriellen Produktionsverfahrens.

Seine praktische Ausbildung zum Patentanwalt absolvierte Joachim Brunotte in einer Düsseldorfer und in einer Münchner Kanzlei sowie beim Landgericht Düsseldorf. Nach seiner Patentanwaltsprüfung im Jahr 2000 verbrachte er ein Jahr in London, wo er für eine englische Patentanwaltskanzlei arbeitete. Der Kanzlei Effert, Bressel und Kollegen trat er im Jahr 2003 bei.

Schwerpunkte seiner Tätigkeit betreffen auch Patent-Einspruchsverfahren vor dem Europäischen Patentamt, den zugeordneten Beschwerdekammern, dem Deutschen Patent- und Markenamt und dem Bundespatentgericht sowie die Erlangung und Durchsetzung von Marken- und Designrechten.